자연면역관용(自然免疫寬容)이 깨져서 자가항원과 반응하는 항체나 림프구가 형성되는 면역현상. 자기 몸의 구성성분에 대하여 자기의 항체생산세포가 만든 면역항체를 자가항체라 하며 이 항체와 반응하는 항원을 자가항원이라 한다. 생체는 보통 자가항원에 대해서는 면역응답을 보이지 않고 면역학적 항상성을 보존한다. 이러한 항상성을 자연면역관용이라 한다. 면역계는 원래 외계로부터의 유해한 이물(異物)의 침입에 대한 생체의 방어 메커니즘으로 존재하는 것이다. 그러나 때로는 이 면역계의 작용이 결과적으로 생체에 유해한 경우가 있다. 이것을 알레르기라고 하며 생체는 외계로부터의 이물에 대해서뿐만 아니라 자기 성분에 대해서도 알레르기반응을 일으킨다. 이것을 자가알레르기라고 하는데 이로 인하여 생기는 병을 자가면역병이라 한다. 자가면역병의 대표적인 예는 〔표〕와 같다. 전신성자가면역병은 전에는 결합조직의 증식·생장을 특징으로 하는 교원병(膠原病)의 범주에 넣었으나 최근에는 교원병의 생성원인을 연구해온 결과 적어도 부분적으로는 자가면역이 관여하고 있다는 것을 알게 되었는데 아직 불분명한 점도 많다. 한편 장기특이적(臟器特異的) 자가면역병에서는 자가항체의 병인적 역할이 명확한 경우가 많다. 다만 〔표〕에 있는 것 중에서 다발성경화증(多發性硬化症)의 경우는 자가항체가 검출되지 않는다. 광견병의 고전적 예방백신(광견병바이러스에 감염된 토끼 척수의 건조분말)의 접종에서 발생된 알레르기성뇌염의 연구에서 장기특이적 자가면역병은 항원자극을 받은 T림프구에 의해서 야기되는 것으로 추정하기에 이르렀다. 자가항체의 생산 메커니즘에 대하여는 여러 가지 견해가 나와 있다. 첫째는 특정한 자가항체의 생산에 참여하는 유전자의 관여설이다. 둘째는 보통 피 속에 미량으로밖에 존재하지 않는 항원이 어떤 원인에 의하여 다량으로 방출되거나 또는 변이되는 것에 의한 것이다. 셋째는 항체생산에 관여하는 림프구쪽의 이상으로 관용상태에서 일탈하는 것에 의한 것이다. 따라서 이러한 것들이 복합되어 자가항체가 생산되는 것이라고 짐작된다. 또한 면역복합체를 형성한 자가항체와 그것에 대응하는 항원이 조직장애성으로 작용한다는 것은 전신성에 리테마토데스의 신병변(腎病變) 발현으로 잘 알려져 있다.